その星は、キセキの星とも呼ばれ、時間を自由に支配できるという不思議な石"タイムストーン"が眠る星でもありました。

タイムストーンが起こすできごとは、砂漠がジャングルに、汚染された湖が美しい湖に…、と時間を越えた不思議なものばかりでした。

それに目をつけたのは、あの悪名高い天才科学者ドクター・エッグマンでした。

「タイムストーンが眠る星、リトルプラネットこそ我が要塞にふさわしい！」と、リトルプラネットをネバーレイク上空に固定し、巨大な要塞を造りはじめました。そして、すべてのタイムストーンを手に入れ、世界征服の野望を達成させるべく、行動をはじめたのです。

一方、何も知らないソニックは、リトルプラネットに会いに行くため、ネバーレイクへ…。

「何？ソニックがやってきただと？…それは、好都合だ。」

報告を聞いたドクター・エッグマンは、不敵な笑みをうかべながら目を輝かせました。 駆けてきたソニックが見たものは、岩から伸びるクサリで固定され、無惨な姿となったリトルプラネットでした。そしてよく見ると、岩の斜面にはドクター・エッグマンの顔が…。
「エッグマンのやつめ…！」

「今度こそ、ワシの科学力でひねりつぶしてくれる…！そして、タイムストーンをそろえ、世界を征服するのじゃ！フォ、フォ、フォ…。」

不気味な笑いで待ちぶせる、ドクター・エッグマンとその影にひそむ青い閃光…。

ドクター・エッグマンの野望を難なく打ちくだいてきたソニックでしたが、目の前のリトルプラネットを自由にすることができるのでしょうか？

「大丈夫！勇気ひとつあれば、なんだってできるぜ！」