さて、それより地上に近いデスエッグの落下軌道上に、一つの巨大な雲の固まりが浮いていました。
そして、その雲の中にひっそりと隠れる巨大な影が…。
そびえ立つ山々、広がる森林…その影は島でした。空中を漂う巨大な"浮遊島"だったのです。

火の玉となったデスエッグは、その"浮遊島"にもろに激突してしまいました。
崩れ落ちる山々、なぎ倒される森林。
そのとてつもない衝撃は"浮遊島"を大きく傾かせ、その高度を次第に低くさせていきます。

そして、ついに海面へ衝突する浮遊島。
浮遊島は津波ともいえる大きな波をうねらせましたが、海底へ沈みはしませんでした。
デスエッグを抱いた浮遊島は、何事もなかったかのようにその巨大な姿をわずかに海上の上空にとどめていたのです。

それから数日後…デスエッグと浮遊島の衝突のあった場所から遠く離れたある島。
２本のシッポのキツネ・テイルスは、突然始まった強力なカオスエメラルドの反応を、彼が発明したジュエルレーダーでキャッチしていました。
「この前の大津波となにか関係があるのかも…」そう感じたテイルスは、ソニックのいる浜辺へと向かいました。

そのころ、浜辺で昼寝をしていたソニックは、小さなリングが砂浜に流れついているのを見つけていました。
古代文字らしきものが彫られている小さなリング。
それを手にとったソニックは、ある"島"についての古い伝説を思いだしたのです。

遠い昔、その島がまだ大陸の一部だったころ。
そこには優れた文明を持った人々が暮らしていました。
その文明は、ある"力の石"のエネルギーによって平和で豊かな社会を築いていました。
しかしある時、"力の石"のエネルギーを我がものにしようとした長老一派が、誤ってそのエネルギーを暴走させてしまったのです。
文明は一瞬にして滅亡し、歴史から消え去りました。
そしてこの出来事があった後…天空から舞い降りた神々が、文明の一部分を"島"として修復し、"力の石"もろとも大空に放ってしまった…というのです。

流れついたリングと"島"の伝説…。
なぜか無性に懐かしさにかられたソニックは、再び冒険へと旅立つ決心をしたのでした。

墜落したデスエッグから脱出したＤr.エッグマンは、浮遊島にカオスエメラルドがあることに気がついていました。
デスエッグの開けた大地の亀裂からキャッチできる、巨大なカオスエメラルドの反応。そのエネルギーを使えば、デスエッグを再び宇宙へ飛び立たせることも可能なのです。

カオスエメラルドを手に入れるため、浮遊島に急ピッチで基地を建設していくＤr.エッグマン。
そして、動物たちをさらってロボットへと改造し、環境変化マシーンで浮遊島の自然をより厳しいものへと変えていったのでした。

「ダ───ッハッハッハッ！！ソニックよ、この島に来ても手遅れじゃ！今度こそカオスエメラルドとこの世界はワシのものになるのじゃー！！」

さあ、役者も舞台も準備は万端。
今ここに"ソニック・ザ・ヘッジホッグ"の新たな冒険が始まるのです。