ここサウスアイランドは、宝石や遺跡の宝庫。そして幻の"カオスエメラルド"が眠る島とも言われている。カオスエメラルドは、すべての生物にエネルギーを与える超物質。さらに科学技術によって核兵器やレーザー兵器にも利用できる。しかし、それを手に入れる方法はだれにもわからない。それというのも、このサウスアイランドは動き回っている島で、カオスエメラルドは島の作り出す歪みの中に存在するからだ。

そんなある日、島に危機が訪れた。ドクター・エッグマンとその一味が島に降り立ったのだ。
「フッ…この島をすべて掘り返してでも、必ずカオスエメラルドを手に入れてやる」
ドクター・エッグマンは島の一角に巨大な要塞を造り、開発に乗り出した。

「エッグマンめ。まだこりないのか！？」
噂を聞いて、ソニックが駆けつけた。ドクター・エッグマンの嫌がらせは、いつものことだ。これまでだって毎回、うまくあしらってきた。ドクター・エッグマンは、ソニックを宿敵だと思っているらしいが、ソニックにとっては相手じゃない。
ところが、おや…何だか様子がヘンだ。
「見たかソニック！今回はいつもと違うぞ。島の動物たちをロボットにしてやったのだ。」
「み…みんなッ！」
「こいつらは皆、わしの思い通りに動いてくれる。つまり島中がおまえの敵なのだ。ファーハッハッハハーッッ…ゲホゲホッ…。今度こそ、世界はすべてワシのものになるのぢゃ〜」
タイヘンだ！行け！ソニック・ザ・ヘッジホッグ！みんなが助けを待っている。