地上での地獄を目の当たりにしたガンスターズのメンバー〜レッド、ブルー、グリーン、イエロー〜は、怒りのパワーで強大な敵ゴールデンシルバーと対決する。
熾烈な戦いが繰り広げられ、やがて彼らは、悪の破壊神を倒した。そして、二度と甦ることがないよう本体を月に、その原動力であった４つの秘石を地球に分けて封じた。
一方、ガンスターズのメンバーも力尽き、地上に新しい文明が宿ることを願い、長い眠りについたのだった。
ただ一人を除いて...
時がたち、地上には新たな文明が築き上げられていた。
そのころ、「月に眠る神を復活せしめんとき、選ばれし優秀な者のみ理想郷に導かれん。」という伝説が地上に広まっていた。
『帝国』と名乗る独裁国家の指揮官グレイは、その伝説を信じ、実行を試みたのである。
そして、神を呼び起こすという４つの秘石と、人々を月に運ぶ『方舟』と呼ばれる宇宙戦艦を発掘させた。
ちょうどそのころ...
発掘作業の責任者ブラウン博士は、地下採掘所で人間の少年少女が眠るカプセルを発見した。それこそ、長い眠りについていたガンスターズであった。
目覚めたガンスターズが知らされたのは、ゴールデンシルバーを甦らせようという帝国の計画。さらに眠るにつく寸前まで一緒だったはずの仲間グリーンが、以前の記憶をなくし、帝国で悪の破壊神復活の手助けをしているということだった。
「同じ悲劇を起こさせるな！そして、４つの秘石をとり戻し、ゴールデンシルバーの復活を阻止するんだ！」
ガンスターズの話を聞いたブラウン博士は、彼らに協力し、帝国に反旗を翻すとともに、一緒に戦うと約束してくれたのだった。
こうして、ガンスターズの新たな戦いが始まった。
地上に悪をもたらす帝国を打ちのめし、ゴールデンシルバーを永遠に葬り去るのだ...！