光あるところに影あり…そしてその影の部分にあって正義を貫き、人知れずこの世の邪なるものを打ち払いつづけてきた一族、それが朧流忍者である。ジョー・ムサシはその朧流忍者の若き頭目だった。
厳しい修行の末に体得した朧流の技を駆使し、歪んだ現代社会に巣食う悪に立ち向かう彼は、そのとき、さらなる鍛錬のために異国の地で一人修行を重ねていた。しかしそんな彼のもとに、ある日、不吉な噂が届く。
数年前ムサシが倒した犯罪シンジケート"ＺＥＥＤ"の残党が再び集結。あらたに"ＮＥＯ ＺＥＥＤ"を結成し、朧流忍者の里を狙っているというのだ。
激しい不安にかられ、急きょ里にもどるムサシ…だが時すでに遅し！彼が立ち返った時、里はすでに壊滅状態だった。
呆然とするムサシを、深手を負った長老が待っていた。長老は死の床の中で、ムサシが将来を約束した里の娘、ナオコが連れ去られたことを告げる。「ナオコを助けよ…。」そう言い残して長老はこと切れた。
「敵の狙いは明らかに自分だ。これ以上の犠牲は出すまい！」
壮絶な決意を胸に、ムサシは"ＮＥＯ ＺＥＥＤ"への復讐を誓う。そして彼は、ナオコを助けるべく単身、敵地へ乗り込んでいった……。