バラムガーデンに入学し、学内でもエリートである「SeeD」と呼ばれる傭兵部隊の一員となる主人公。普段は無口で他人のことに関心がなく、無愛想で非社交的な性格を持つ。しかし仲間との出会いによって、徐々にその性格も変わっていく。
連続剣(ガンブレード)
ゲージに刻まれた目盛り上に、上昇するバーの先端が達した時点で、R1ボタンを押すと攻撃力が倍加される。また、特定の目盛り上で完璧にボタンを押すことができた場合は"PERFECT"の表示が出て、敵に与えるダメージはさらに増加する。
なお、場合によっては最後にフィニッシュブローを放つ場合もあり、それらのフィニッシュブローは、バリエーションが増えていくらしい・・・

SeeDの入隊試験でスコールと出会う、バラム・ガーデンの生徒。性格は一本気で、曲がったことを嫌う。おのれの強健な肉体に全幅の信頼を置き、打ち砕けぬ障害などないと信じる。恵まれた環境に育ち、天性の明るさでポジティブに突きすすむ。行くてに待つのは栄光か、戦いの冷酷さか・・・。
デュエル（拳）
コマンド入力による連続打撃攻撃。技表に応じたコマンドを入力すると技が放たれ、次のコマンドが表示される、それらを制限時間内に連続入力していく。

ガルバディア大統領に反抗するティンバーのレジスタンス「森のフクロウ」のリーダー。バラム・ガーデンにSeeDの出兵を要請した縁で、スコールと再会する。だれかに束縛されることを嫌い、自由に生きることを望む明るい性格の女性。強い意思を秘めた瞳は、どんな未来を見つめるのか・・
コンバイン（ブラスターエッジ）
実行するとリノアが口笛を吹き、彼女の飼い犬であるアンジェロが、どこからか走り来て、リノアの武器・ブラスターエッジの上に飛び乗り、そのまま射出されて敵にダメージを与える。

スコールと同じバラムガーデンの生徒。戦闘能力は高いが、協調性の無い性格のためにいまだにSeeDになることができずにいる。冷静で優秀な成績のスコールに対して異様な敵対心を燃やし、何かにつけて彼に突っかかる。魔女に仕える騎士になりたいと夢を持っているらしい。
始末剣（ガンブレード）
一撃の威力はさほど高くないが敵全体にダメージを与えられる。剣に強力な気をためて敵に放つ、サイファーらしい豪快な技。

義理人情に厚く、弱きを助けて強きをくじくといった正義感の強い男。楽天家でいつも元気いっぱいと、スコールとは全くの逆の性格を持つ。序盤ではガルバディアの兵士であるが、後で退役してジャーナリストを目指すことになるらしい。謎につつまれた、もうひとりの主人公
不明（マシンガン系?）

もとはトラビア・ガーデンの生徒で、バラム・ガーデンに転向してきたことでスコールたちと出会う。天真爛漫で明るい性格の持ち主で、パーティのムードメーカー的存在のキャラ。文化祭の実行委員をやるなど、責任感のある一面を見せる事もある。
スロット（ヌンチャク）
所持の有無にかかわらず、スロット次第で魔法が放たれる技。スロットコマンドを選択すると、魔法名が表示され、放つかやり直しかを選べる。ただし、その間はまったく無防備な状態をさらすので長時間やり直しをするのは得策ではない

１５歳の若さでSeeDとなった超エリート女性。１８歳の現在はスコールたちの指導教官をしている。子供のころから英才教育を受けていたため、世間知らずな一面を持つ。また、校内にファンクラブができてしまうほどの美貌の持ち主でもある。
青魔法（チェーンウィップ）
他のキャラの技と異なり、技さえ覚えれば確実に使用できるが、アイテムを使って敵の技を覚える必要がある。なかにはガトリング砲などの兵器を使った攻撃魔法もある

スコールたちとは違うガーデンに所属する兵士で、SeeDではないらしい。かなりの銃の使い手で、その腕を買われてかイデア暗殺の命を受けてスコールたちと行動を共にすることになる。。自分の姿につねに気を配り、伊達男を意識した派手なアクションを好む。彼の男ぶりと腕前は、銃弾のごとく女性のハートを射抜く・・かどうかは神のみぞ知る。
ショット（銃）
彼の技は特殊な弾丸をR1ボタンで制限時間内に何度でも連射できるガンマンだけが使える特殊な技。弾数が許す限り連射せよ！

バラム・ガーデンの風紀委員でもあり、サイファーの取り巻きの中で、もっともサイファーに信頼されているひとりで、漢字のみで話す謎の女性。無口で冷たい印象をあたえるが、内に秘めた思いは意外に熱い

バラム・ガーデンの風紀委員でもあり、サイファーの取り巻きの中で、もっともサイファーに信頼されているひとり。共にサイファーに心酔しており、そのためかサイファーと衝突するスコールに敵対心を燃やしている。頭よりも体が先に動いてしまうタイプ

ガルバディア軍に属し、ラグナと共にするということ以外は謎に包まれている兵士で、ラグナ編のシナリオでは終始、彼と行動を共にすることになる。髪型といい、肌の色といい他のキャラとは違う雰囲気をだしている。

キロスとは違い、兵士というより荒くれ者という感じのウォード。彼もラグナ編では 行動を共にすることになるらしい。性格は篤実にして豪放磊落であり、頼りがいのある豪傑。

シドと言えばFFの世界ではチョコボと並ぶ双璧(^^;)。飛空挺を駆るイメージが強いが今回は、バラム・ガーデンの園長という立場になっている。スコールたちと共に戦う仲間でなく、見守るという役なのか・・・？

長き沈黙を破り、突如として民衆の前に姿を現した魔女。忌み嫌われ風説化していた「魔女の力」を使い、ガルバディアと結託して世界に宣戦布告する。その真の目的や素性は謎に包まれたままとなっている。