『２ｎｄ 〜ＥＤＥＮ〜』
第１話 『災いを呼ぶ楔』
太平洋の小国ギルディアの行った新型核実験の失敗により何かが目を覚ます…
第２話 『不吉の予兆』
放射能消失！？ギルディアの実験は謎が謎を呼ぶ――
第３話 『静かなる遭遇』
考古学者の美咲が発見した謎の金属板。そして、人類に未知の存在が接近する！
第４話 『ロサンゼルス崩壊』
謎の飛行物体がロサンゼルスに出現。緊急事態に、緊迫するアメリカ軍！
第５話 『真珠湾衝撃』
ゴジラ出現！その場所は皮肉にも太平洋戦争の象徴、真珠湾だった。
第６話 『残された謎』
ゴジラ、そして謎の物体。点と点を繋ぐものとは？
第７話 『忍び寄る脅威』
ロシア原潜撃沈！自衛隊に緊張が走る。
第８話 『悪しきを除くもの』
美咲が解き明かす、金属板に隠された謎。
第９話 『本土緊迫』
真田と美咲は同じ存在を追っていたのか？その時、ゴジラが日本に現れる。
第１０話 『迫る悪夢』
臨戦態勢の自衛隊の前にゴジラ出現。陸海空に繰り広げられる攻防戦。
第１１話 『閃光の迎撃戦』
対Ｇ兵器”ＴＸ−２０００”がゴジラに火を噴く！
第１２話 『エデン接近』
謎の物体＝エデンも本土に接近。繰り広げられる空中戦。
第１３話 『エデンの猛威』
ゴジラとエデン、遂に激突！
第１４話 『打つ手無し』
懸命に防衛線を貼る自衛隊に圧倒的戦闘力で襲いかかるエデン！
第１５話 『真の覚醒』
ゴジラは倒れたままなのか！？東海村に起こる異変。
第１６話 『浦賀水道燃ゆ』
迫り来るゴジラに、護衛艦隊が決死の覚悟で最後の戦いを挑む！
第１７話 『美咲、危うし』
危機が迫る中、自分の身を顧みず市内に戻る美咲の真意は！？
第１８話 『神を殺す戦い』
決戦、みなとみらい２１。横浜炎上。
最終話 『審判は下る』
最後の一撃が放たれた時、人類は地球からの審判を目撃する――